Totalkvoten omfatter også kysttorsk, kvote til tredjeland og kvote til forsknings- og forvaltningsformål.
Hvert år avsettes 14,15 % av totalkvoten av nordøstarktisk torsk til fartøy fra tredjeland. Andelen baseres på TAC eksklusiv norsk kysttorsk og kvantum avsatt til forsknings- og forvaltningsformål. Kvantum hyse avsatt til tredjeland justeres med hensyn til bestandsvurderinger fra ICES.
Fordelingen av loddekvoten ble første gang fastsatt i 1979. Denne totalkvoten fordeles med 60 % til Norge og 40 % til Russland. Handlingsregelen innebar at det ikke ble åpnet for fiske i årene 2004–2008. For årene 2009–2011 ble det igjen åpnet for loddefiske.
Fra midten av 1990-tallet og frem til 2002 avtalte partene kun forskningskvoter for kongekrabbe. Fra og med sesongen 2002–2003 ble det åpnet for kommersiell fangst av kongekrabbe. Kvotene i henholdsvis norsk og russisk sone ble fastsatt til 15 % av estimert antall voksne hannkrabber i de respektive sonene. Fra 2006 ble partene enige om å forvalte kongekrabben hver for seg.
I perioden 1991–2009 var det, med unntak for forskningsfangst og et begrenset direktefiske for kystfiskeflåten, et forbud mot direktefiske etter blåkveite. For 2010 ble partene for første gang enig om fastsettelse av en totalkvote og hvordan denne skulle fordeles. Blåkveitekvoten fordeles nå med 51 % til Norge, 45 % til Russland og 4 % til tredjeland.
Bytte av kvoter og gjensidig fiskeadgang i hverandre soner har vært regelen siden 1977. Bytte av kvoter er dels knyttet opp mot bytte av kvoter på fellesbestander, dels mot kvoter på eksklusive bestander i den annen parts farvann. Slikt bytte av kvoter har et mindre omfang i dag enn hva det hadde i de første årene etter opprettelsen av de økonomiske sonene i 1977.
