Allerede året før dette første møtet i Fiskerikommisjonen fant sted, hadde de to landenes fiskeriministre blitt enig om et svært viktig prinsipp for det videre arbeidet – nemlig en fordelingsnøkkel 50/50 for torske- og hysebestanden i Barentshavet. Lodda ble fordelt med 60 til Norge og 40 til Sovjetunionen. I 2009 ble også blåkveitebestanden fordelt, med 45 til Russland, 51 til Norge og 4 til tredjeland. Etter hvert som Norge og Sovjetunionen begynte å forberede opprettelsen av sine 200-milssoner, forsto partene behovet for at samarbeidsavtalen av 1975 måtte suppleres med en avtale om gjensidige fiskerirettigheter, og den 15. oktober 1976 ble «Avtalen mellom Kongeriket Norge og Regjeringen i Unionen av Sovjetiske Sosialistiske Republikker om gjensidige fiskeriforbindelser» undertegnet.
I de første årene Fiskerikommisjonen drev sin virksomhet, utarbeidet den prinsippene for hvordan man skulle løse de problemene som oppsto, godkjente programmene for felles forskning på de viktigste bestandene i Barentshavet og utarbeidet på dette grunnlaget tilnærmingen til fiskeriforvaltningen for alle fangstområdene.
Ved inngangen til 1980-tallet var de grunnleggende brikkene i det bilaterale forvaltningsregimet på plass. Partene var enige om hvilke bestander som skulle være underlagt felles forvaltning og hvordan kvotene skulle fordeles både for Norge, Russland og tredjeland. Videre var forskningssamarbeidet innen fiskeri blitt en integrert del av Fiskerikommisjonens virke, noe som ga norske og russiske forskere en viktig internasjonal arena i tillegg til ICES.
Senere ble spørsmålet om tekniske reguleringer mer direkte koblet til størrelsen på kvoten, først og fremst torskekvoten. Det kom nå stadig flere advarsler fra havforskerne om tilstanden til den nordøstarktiske torskebestanden, og bestandsanslagene ble kraftig nedjustert. På den 18. sesjonen i 1989 fastsatte Fiskerikommisjonen sin laveste torskekvote noensinne: 160 000 tonn. Konsekvensene av denne nedgangen var store, kanskje særlig på norsk side. Fra 1989 av var det slutt på det frie torskefisket med passiv redskap. På slutten av 1980-tallet kom gamle stridsspørsmål som maskevidde og minstemål mer i bakgrunnen og man kunne bruke mer tid på regulerings- og samordningstiltak og på kontroll av fiskeriene. Overfiske og ulovlig fiske kom nå i fokus; det ble nedsatt en ekspertgruppe som skulle vurdere tiltak mot overtredelsene, og denne gruppen løste oppgaven så effektivt at Fiskerikommisjonen valgte å omdanne den til et permanent utvalg for forvaltnings- og kontrollspørsmål på fiskerisektoren. Utvalget har senere behandlet spørsmål som fastsettelse av felles omregningsfaktorer, prosedyrer for stenging og åpning av fiskefelt, innføring av sorteringsrist i trålen og satellittsporing av fiskefartøy. Også kontrollsamarbeidet mellom Fiskeridirektoratet, Kystvakten, Murmanrybvod og FSBs grensetjeneste ble nå utvidet og styrket.
På 1990-tallet ble også flere viktige reguleringstiltak vedtatt. Sorteringsrist ble innført; først i rekefisket og senere (1997) i torsketrålen. Det neste viktige felles regulerings- og kontrolltiltaket som ble innført var satellittsporing av fiskefartøy. Fiskerikommisjonen hadde på sesjonen i 1997 slått fast at det pga. den internasjonale utviklingen kunne bli aktuelt å innføre felles satellittsporing. Det permanente utvalget fikk i oppdrag å utarbeide en plan for en slik innføring, og etter hektisk møtevirksomhet mellom tekniske eksperter fra begge land ble systemet utprøvd og innført i Barentshavet fra 2000 av. Et annet viktig reguleringstiltak var samordningen av omregningsfaktorene for ulike fiskeprodukter. En arbeidsgruppe ble nedsatt i 1993, og allerede året etter var partene enige om felles faktorer for forskjellige viktige produkter – som f.eks. ulike typer sløyd og filetert torsk. Felles forskningstokt ble så gjennomført for å utarbeide en felles metode for fastsette av omregningsfaktorer, en praksis som har fortsatt frem til i dag.
Ved overgangen til det nye årtusenet advarte havforskerne igjen om at torskebestanden var i dårlig forfatning. I 2000 overrasket kommisjonsformennene fiskere og redere med å opplyse om at torskekvotene var fastsatt for de neste tre årene; hensikten var selvsagt å skape forutsigbarhet. Dette tiltaket reflekterte ifølge kommisjonsformennene ICES’ føre-var-baserte forvaltning av torskebestanden. På sesjonen i 2001 ble det vedtatt å nedsette en arbeidsgruppe som skulle utarbeide en strategi for langsiktig og bærekraftig forvaltning av de norsk-russiske fellesbestandene. Før denne arbeidsgruppen fremla sine resultater hadde imidlertid Fiskerikommisjonen vedtatt en handlingsregel for fastsettelse av torske- og hysekvoten.
Noe forenklet går denne regelen ut på at gjennomsnittlig fiskedødelighet over en treårsperiode skal holdes under føre-var-grensen, samtidig som totalkvoten fra år til år ikke skal endres med mer enn ± 10 prosent for torsk og 25 prosent for hyse. I 2002 ble regelen vedtatt, og i 2005 anerkjente også ICES Fiskerikommisjonens handlingsregel som i overensstemmelse med føre-var-tilnærmingen. Handlingsregelen er et forvaltningsmessig tiltak som sikrer stabilitet og forutsigbarhet i høsting av bestandene. På nittitallet hadde det vært relativt liten oppmerksomhet omkring overfiske og andre kontrollproblemer.
Nå på 2000-tallet ble det skjerpet interesse for problemene knyttet til omlasting til havs og transport av fiskeproduktene til tredjeland. Partene innså behovet for mer landingsinformasjon fra tredjeland, og på sesjonen i 2003 ble informasjon om uregistrerte uttak av torsk i Barentshavet og Norskehavet et tema. På den 33. sesjon i 2004 konkluderte Fiskerikommisjonen med at det eksisterte et betydelig uregistrert uttak av torsk i Barentshavet, og at det var et prioritert mål å bruke alle mulige virkemidler for å avdekke og forhindre disse ulovlighetene. Det ble nå vedtatt en rekke tiltak som skjerpet kravene til rapportering og kontroll ifb. med omlasting til havs; som obligatorisk meldeplikt om all omlasting, satellittsporingsplikt for mottaksfartøy, forbud mot omlasting til fartøy under bekvemmelighetsflagg og etablering av mobile inspektørgrupper fra begge land.
På den 35. sesjon høsten 2006 ble det vedtatt å gjennomføre et pilotprosjekt for løpende utveksling av informasjon om satellittsporing i Barentshavet og Norskehavet (ICES I og II).
Samtidig fortsatte utvekslingen av informasjon om kvoter og landinger på fartøynivå; det samme gjorde utvekslingen av inspektører på hverandres fartøy og felles landingskontroller i tredjeland.
1. mai 2007 ble NEAFCs havnekontrollsystem innført, og i protokollen fra 37. sesjon sies det at «Partene har med tilfredshet konstatert indikasjoner på at omfanget av overfiske er redusert i 2007, blant annet som følge av innføring av NEAFCs havnestatsregime».
I protokollen fra 38. sesjon lyder det enda mer positivt: «Partene konstaterte en betydelig reduksjon i nivået på det ulovlige fisket i Barentshavet og Norskehavet», før protokollen fra 39. sesjon kan fastslå at «Partene konstaterte at det som følge av analysen av uttaket av torsk og hyse i 2009 ikke er konstatert IUU-fiske fra norske og russiske fiskere».
Fiskerikommisjonen har nå drevet sitt forvaltningsarbeid i snart fire tiår; i denne perioden, som blant annet har sett kald krig, storpolitisk forsoning og oppløsning av Sovjetunionen, har Fiskerikommisjonen fått drive sin forvaltningsvirksomhet relativt uberørt av den storpolitiske situasjonen. Nå fastsetter Fiskerikommisjonen årlig TAC basert på felles forskning på torsk, hyse, kveite, lodde, uer, sild og andre fangstobjekter for hele Barentshavets vedkommende. Videre fastsettes det på Fiskerikommisjonens sesjoner nasjonale kvoter for fiske på fellesbestandene, både for norske, russiske og tredjelands fiskere. Fiskerikommisjonen utarbeider og vedtar også et helt kompleks av reguleringstiltak og gir i tillegg anbefalinger til våre lands berørte organer når det gjelder forvaltning og kontroll av fiskeriene i Barentshavet.
Den nye overenskomsten mellom Norge og Russland om maritim avgrensning og samarbeid i Barentshavet og Polhavet, som trådte i kraft 7. juli 2011 slår fast at Den blandete norsk-russiske fiskerikommisjon skal fortsette å vurdere bedrede overvåkings- og kontrolltiltak for fiskebestander som forvaltes i fellesskap (Samarbeidsavtalen mellom Norge og Russland av 1975 og Avtalen om felles forbindelser av 1976). Det er et ubestridelig faktum at fiskebestandene i Barentshavet er felles for de to avgrensede nasjonale områdene. Dessuten kjenner den migrerende fisken ingen fastsatte grenser; følgelig vil en optimal forvaltning av fiskebestandene og kontroll med fiskeriene kreve felles koordinerte bestrebelser fra de to lands berørte statlige forvaltningsstrukturers side, slik at fiskerne skal kunne drive fiske i de for dem tradisjonelle områdene i hele Barentshavet.
Milepæler for forskningssamarbeidet